三元理论认为：“疾病万千，不离三元。何谓三元？毒郁虚”。三元医学理论认识疾病，认为世界的万千疾病的病因、病机、辩证、治疗，不离三个字：“毒郁虚”。毒就是有热了，上火了，血热了，湿热，伤风、伤寒了。有菌性炎症、无菌性炎症，造成身体的肿胀、渗出、疼痛和器官损害坏死变性的改变。
郁就是身体的各种不流行、不通畅、即郁滞不通。包括气、血、痰、湿、食、水在体内造成的不畅或堵塞。气滞则胀，血滞则青或疼痛，痰阻则难咯或出现神志病变，湿盛则沉重，食积则不消，或大便艰。水停则胀如腹水。
虚就是不足，即气血阴阳的不足。气虚无力，血虚则无华色，阳虚则外寒，阴虚则内热。世界的万千疾病，有毒了，不通了，虚弱不足了，除此三者，没有别的病。无毒无虚腑脏经络通畅，则无病。
人是一个有机的整体，人和自然有着密切的关系。这就是医学的整体观念，治病时辨证论治，要分清毒郁虚，提纲挈领地认识疾病。整个自然界是一元，一元产生阴阳二气（即自然界相互对立又依存着的两种属性，并且在一定条件下可以互相转化）。从阴阳的二元论到毒郁虚的三元论，才更适合指导疾病的诊断和治疗。三元论能统领疾病的各种辨证方法（阴阳辨证、脏腑辨证、气血津液辨证、八纲辨证、经络辨证、六经辨证、卫气营血辨证、三焦辨证等。）任何以一种辨证方法和其它辨证方法割裂开来，或者以一种经典理论（如六经辨证）来限制和阻止其它医学检验论文的发展，都是非常错误和不得人心的。
三元医学论文的毒郁虚之间，也存在不可分割的辨证关系。也不能把毒郁虚完全割裂开来。即毒中有郁有虚，郁中也有毒有虚，虚中也可以有毒有郁。即你中有我，我中有你，或者一中有三，或者二中有三，才能完整系统的认识疾病。
