古代
早在史前时期，人类就开始积累治疗疾病的经验，形成了临床医学的雏形。古代中国在漫长的历史中形成了独特的传统医学临床体系，详见中医学。
古埃及的埃伯斯纸草书文中记载了205种疾病，介绍了外科学的脓肿切开、浅表肿块切除、包皮环切等手术，内科学的发汗、吐、泄、利尿、灌肠等疗法。木乃伊的制作也涉及到高超的外科学知识。古印度的阿输吠陀中记载了相当多的药物和治疗经验，首次将医学分为8科，《阇罗加集》和《妙闻集》分别是阿输吠陀医学的内科学和外科学名著。古希腊《希波克拉底文集》中记载了外科学关于骨折、脱臼、头部损伤的治疗方法。古罗马的盖伦在药物治疗方面也有成就。
在古代，基础医学与临床医学的分野并不明确，受客观条件的限制，大多以经验积累为主，缺乏科学、系统的期刊影响因子整理。
近代
17世纪的医生西登哈姆提出：“与医生最有直接关系的既非解剖学之实习，也非生理学之实验，乃是被疾病所苦之患者，故医生的任务首先要正确探明痛苦之本质，也就是应多观察患者的情况，然后再研究解剖、生理等知识，以导出疾病之解释和疗法。”西登哈姆的呼吁获得了人们的支持，医生开始回到病人身边，从事临床观察和研究。西登哈姆也被称为“临床医学之父”。
18世纪，临床教学兴起。莱顿大学在医院设立了临床教学专用病床。临床医学家布尔哈夫充分利用教学病床展开床边教学，通过编写临床医学论文的方式记载，开创了临床病理讨论会的先河。
这一时期逐渐形成了生物医学模式。这一模式将健康看作宿主、环境和病因三者的平衡。每一种疾病都能从器官、细胞、生物大分子上找到可测量的形态和（或）化学变化，确定生物的和（或）物理的病因，从而进行治疗。
